1980年代半ばの長崎県西海町。中学2年生の少年・里中健太は、鉄クズを改造して、遊具を組み立てる研究マニア。

しかし、その天才ぶりが周囲の理解を得られず、自分には存在価値がないと自信消失気味になっている。

周囲を恨み、人間関係を築こうともしない。そんな彼のことをクラスメイトたちは軽蔑をこめて“ガラクタ”と呼んでいた。

ある日、彼のもとに見知らぬ少女が現れた。彼女の名は、サヤカ。先祖の失踪の謎を研究する家出少女だった。サヤカは犯罪組織から狙われていた。

「怪獣が来ても、宇宙人が来ても、あなたとだったら乗り越えていけそう」と言われたガラクタは、自信を取り戻す。

鉄クズで作りあげた武器を駆使して、男どもをけん制しながら、ガラクタはサヤカの先祖の秘密が眠るという“くじら島”を目指す。

ガラクタが勝つか？　犯罪組織が勝つか？　そして、彼らを待ち受ける運命とは…？